Mikrobiyoloji laboratuvarında ekmekte meydana gelen, özellikle yaz aylarında ortaya çıkan rop hastalığına neden olan bakterilerin kaynağı tespit edilebilmektedir.

Ayrıca gıdada bozulmanın başlaması ve raf ömrünü belirleyen, gıdalarda mikrobiyolojik kalitenin belirlenmesinde indikatör olarak yaygın şekilde başvurulan toplam bakteri analizi yapılır.

Yine bozulmaya yol açan, gıdalarda acı tat ve kötü koku oluşumuna neden, gaz oluşturma özellikleri sayesinde bazı gıdalarda istenmeyen gözenekli yapı oluşumuna neden olan ve bazılarının salgıladıkları toksinlerle zehirlenmeye neden olan küf ve maya analizleri yapılır.

Kötü sanitasyon koşulları ve dışkı kökenli koliform bakterilerin varlığı da tespit edilebilmektedir.